你的标题和问题不一致啊。关于思维和逻辑的问题，可以写若干本书，这边大致回答一下吧。
1、关于逻辑，逻辑不是人类天生的。我们可以发现，小孩往往没有逻辑，他们搞不清楚事物的因果关系，取而代之以某种奇妙的想象。从人类学的角度，早期人类也是没有逻辑思维的（可参考列维-布留尔的《原始思维》），他们对事物的因果判断是通过“集体表象”完成的，简单点说，为群体意识所认同的观点，即为正确的观点。
逻辑是人类通过学习、进化和历史积淀，后天得到的思维技巧。
中国哲学由于缺乏对逻辑和理性的尊重，导致中国人现在的逻辑思维能力普遍比较差。比如农村地区的迷信活动非常多，还有比如中医理论，完全没有逻辑性可言，但是很多中国人都深信不疑。
2、至于思维，迄今为止人类对它尚未有非常深刻的认识。还原主义和机械主义的认识，其实就是医学的认识，通过分析脑组织中的生化反应，来研究思维的过程。
至于语言“接近行为反射”，完全是训练的结果，不训练对语言的反应是非常迟钝的。比如刚学外语的时候。人类学研究对此也有非常确切的结论，比如“狼孩”、“猪孩”之类的，他们的智力发育非常缓慢，语言能力几乎为零，就是因为缺乏足够的训练。
亚里士多德认为Being的逻辑学上的三层意思分别是?
在希腊人的哲学思维中，存在一个“制作图式”，即一个按照匠人造物的方式去理解世界的模式。柏拉图把“相”（idea，eidos，通常译为“理念”）看作原型而把具体事物看作摹本，亚里士多德把具体事物看成依据“形式”（eidos）加工质料的结果，都是这种制作图式的表现。这种图式的最重要特质在于：原型可以用以“S是P”为基本句式的语言合乎逻辑地加以刻画，包括定义、三段推理、构造体系，甚至数量化、几何化等。这样一来，这种制作图式就决不仅仅是一个比方，而是一种跟语言逻辑内在地融为一体的思维方式。这就是实践跟being的原初关联。柏拉图用这种图式去解释“相”的世界，又用对“相”的解释去指导对现实世界的改造，于是理论和实践就在这种图式中被统一了起来。亚里士多德的情况要复杂一些，他只用这种图式去说明各种事物都是用形式和质料合成的，而不主张用某种来自理论规定的形式去指导人的实践活动，实践活动由不同于理论知识的别的理性方式来指导，包括实践智慧和技艺。尽管如此，亚里士多德的形式加质料的学说由于内涵着制作图式，因而还是不可避免要被后世用来针对实践。所以，希腊哲学思维因其制作图式而天生有一种实践本能，这对西方人两千多年中理解和处理理论和实践的关系产生了巨大的影响。
解铃还需系铃人，我是指亚里士多德。亚里士多德接着柏拉图完成了对制作图式的语言逻辑化工作，但他同时还预留了两条其他进路，加在一起关于being就有三条道路。
在《后分析篇》第二卷第八章中，亚里士多德区分了事物的“存在”和“本质”。这两个概念都跟希腊语的“是”有关，可以分别用“S是”和“S是P”句式来表达。“S是”也可以表述为“S存在”，这里“是”、“存在”是动词，是“显现出来”的意思，S之真实在于自身显现。这条路就是后来的现象学和存在主义之路，可简称“存在之路”，最突出的代表是海德格尔。当然，亚里士多德作此区分本意不是讲“存在主义”，而是告诉我们定义和三段论证明的关系，即告诉我们如何才能知道事物的“本质”，如何通过知道“本质”来知道真正的“存在”。这条路就是“本质主义”之路，或称“本质之路”，也就是形而上学之路、科学之路、理论之路，其思维程序就是逻辑推理，此间涉及的“是”就是判断的系词。存在主义之路从作为动词的“是”去把握being的意义，确实追问到了根基处，但这根基既然只能显现，那就是我们的语言难以说清的，所以，对存在主义来说，“问到底”是其所长，但一定以“说不清”为代价。本质主义之路从作为系词的“是”去把握being的意义，确实讲得很清楚，以至于形成了确定性的知识和原则，但既然这种确定性只是语言的确定性，那就没有理由断言它同时也是事物本身的确定性，所以，对本质主义来说，“说清楚”是其所长，但一定以“不到底”为代价。
这两条路本来各有长短，但走路的人总不免有一种偏好，一种“本体论的”（ontological，在研究ont、being或“是”的学问方面的）优越感，都觉得自己那条路既“问到底”了又“说清楚”了，而别人走的路则不然。比如，亚里士多德就觉得他的“形式”既是“本体”（ousia）又是定义，海德格尔也觉得自己所说的那个Sein（being，存在）既是本根又是最真。西方哲学史的主题之一就是这“两条路线”的斗争，其源头可以溯及巴门尼德。不过，我愿意在此作一个调解：亚里士多德只能说自己的“形式”可定义而不能说是“本体”，海德格尔只能说自己的“存在”是本根而不能说是最真。也只有这样才能为其他可能的进路敞开思考的空间。
在亚里士多德那里，与being相关的还有第三条路，即“实践之路”。在《范畴篇》中，亚里士多德把on（being、“是”）分为十种，亦即对同一事物的陈述有十种完全不同的种类，有的讲事物的“是什么”，有的讲性质，有的讲数量、关系等。这十个种类之上没有一个可以逻辑地统帅它们的“是”本身。可是，这十种陈述在同一个对象身上又是按照什么方式相互关联成一个整体的呢？对此，亚里士多德没有说。在《后分析篇》中，亚里士多德根据三段论的中词理论提出了著名的“一种一科”（one genus to one science）原则，意思是事物分成不同的种，种与种之间不可通约，每个种都要有一门独立的学科去研究，不同的学科之间也不可通约。不过，亚里士多德也没有讲：当一个事物或一件事情牵涉到不同种类的众多学科时，这些不同种类的学科知识或信息如何才能相互关联成一个整体？在他的几部伦理学著作中，他都强调了必须对“善”加以分类，就像对“是”加以分类一样，不同种类的“善”之间也不可通约，不存在那种可以从理论上统一诸“善”的柏拉图式的“善”本身。